Als 1929 Rudolf Imelmann auf den zuvor von Francis Curtis besetzten anglistischen Lehrstuhl berufen wird, entsteht damit ein Konflikt mit Holthausen. Imelmann fordert mit seiner Berufung eine Beschränkung des Lehrrechts Holthausens auf die germanische Philologie, da er eine „anerkannte Lehrschwäche sei“. In seinem Brief verweist er auf das Einverständnis des Ministerial-Direktors, der ihm zustimme. Aus dieser Forderung entwickelt sich ein regelrechter Kompetenzkonflikt. Während die philosophische Fakultät im November 1929 verlauten lässt, dass sie Holthausen das Recht zur Lehrtätigkeit nicht nachträglich entziehen könne, beendet das Ministerium Holthausens Lehrtätigkeit an der Universität per Schreiben kurz darauf. Im Dezember verzichtet Holthausen schließlich „freiwillig“ auf sein Lehrrecht in der englischen Philologie. Wenig später verweist die philosophische Fakultät in einem Brief an das Ministerium darauf, dass sie Holthausen nach wie vor das Lehrrecht zwar nicht nachträglich aberkennen können, der Emeritus jedoch freiwillig darauf verzichtet habe.
Doch auch nach dem freiwilligen Verzicht Holthausens auf Vorlesungen im Bereich der englischen Philologie kommt es zwischen ihm und Imelmann zu einer weiteren, indirekten Auseinandersetzung. Als Holthausen 1932 eine Vorlesung mit dem Titel „Grundzüge der germanischen Laut- und Formenlehre“ anbieten will, beschwert sich Imelmann schriftlich beim Dekan über den Verstoß gegen die Abmachung, die getroffen wurde, da die Veranstaltung eine „Mitbehandlung des Altenglischen“ erfordere [1]. Nachdem Holthausen in einem Schreiben um die Neufassung seines Themas gebeten wurde, reagiert dieser in einem handschriftlichen Brief angegriffen und weigert sich, der Bitte nachzukommen. Als die Fakultät schließlich um Holthausens Erscheinen zu einer Aussprache bittet, beendet Holthausen seine Lehrtätigkeit an der Universität Frankfurt, ebenfalls handschriftlich, da er „kein Interesse an einem Kompetenzkonflikt habe“ [2]. Aus dem Vorlesungsverzeichnis geht hervor, dass Holthausen ab 1932 nicht mehr liest.

Obwohl Imelmann 1933 wegen Streitigkeiten in der Fakultät selbst einen Antrag auf Emeritierung einreicht und wenig später aus „rassischen Gründen“ entlassen wird, nimmt Holthausen, der Kenntnis von der Entlassung hat, seine Lehrtätigkeit nicht wieder auf. Auch auf den brieflichen Wunsch des Nachfolgers Imelmanns, Hans Hermann Glunz, Holthausen möge seine Lehrtätigkeit sowohl in der germanischen als auch englischen Philologie wieder aufnehmen, reagiert Holthausen nicht mehr, sodass sein Name 1935 aus dem Vorlesungsverzeichnis gestrichen wird.

 
Veronika Hock